نویسندگان کتب تاریخی، بنای اولیه شهر اشکذر را از زمان اشکانیان می‌دانند. با این توضیح، اشکذر در زمان اشکانیان به وجود آمده است و قدمت آن به حدود ۲۰۰۰ هزار سال می‌رسد. عده‌ای اشکذر را خیلی قدیمی‌تر می‌دانستند و معتقدند که بنای اولیه اشکذر به علت حمله شنهای روان در زیر خاک مدفون گشته‌است. بنای موجود اشکذر، با احداث قنات کویر به دست اشک بن زال که منشأ آن در نزدیکی صفاییه کنونی در یزد است، آغاز و شروع به رشد نموده است و مردم در کمال خوشی و آبادانی به کشاورزی می‌پرداخته‌اند. این قنات از زمان احداث حدود ۱۲۰ قفیز آب داشته و اراضی بسیاری را به زیر کشت می‌برده است. لیکن به‌طور قطع‌، اشكذر در دوره اسلامى‌ در ابتداي‌ سده 8ق‌ وجود داشته‌ است‌، چه‌ بناهايى‌ متعدد مربوط به‌ آن‌ دوره‌ در اين‌ شهر برپا بوده‌ است‌. نخستين‌ آنها خانقاهى‌ بوده‌ كه‌ شيخى‌ صاحب‌ كرامت‌، به‌نام‌ شيخ‌ تقى‌الدين‌ دادا آن‌ را ساخته‌ بوده‌ است‌. ديگري‌ خانقاهى‌ است‌ منسوب‌ به‌ امير ركن‌الدين‌ محمد قاضى‌ (د 732ق‌) از اعيان‌ يزد. در اين‌ مكانها نيازمندان‌ اطعام‌ مى‌شده‌اند. بسياري‌ از املاك‌ و قناتهاي‌ اشكذر نيز به‌صورت‌ وقف‌ اداره‌ مى‌شده‌، و عايدات‌ حاصل‌ از آنها به‌ مصرف‌ درماندگان‌ و نيازمندان‌ مى‌رسيده‌ است.