ساختمان اصلی پژوهشكده شامل مراكز تحقيقاتي درماني ناباروري، سلول هاي بنيادي و سقط مكرر مي باشد و از قسمت هاي پذیرش، کلینیکهای زنان ، ارولوژی ، سقط مکرر ، مشاوره ژنتیک، مشاوره تغذیه،روانپزشکی ، قسمت اداری و مدیریتی و همچنین اطاقهای عمل مربوط به جراحی های لاپاراسکوپیک (از جمله لیزر لاپاراسکوپی و استفاده از چاقوی اولتراسونیک) ، اطاق عمل آسپیراسیون فولیکولهای تخمدان و انتقال جنین و همچنین تهیه اسپرم از راه آسپیراسیون اپیدیدیم (PESA) برداشت از بیضه (TESE) یا الکترو اجاکولیشن و Micro TESE، بخش بستری ، کتابخانه و مرکز کامپیوتر و اینترنت و همچنین آزمایشگاه‌های متعدد تشکیل شده است و با دارا بودن بخشها و آزمایشگاه‌های تخصصی (ART)، آندرولوژی،IHC ، ژنتیک ، بیوتکنولوژی و هورمون شناسي علاوه بر اجرای پروژه‌های پژوهشی در امر درمان زوج‌های نابارور فعالیت میکند.