در سال ۱۳۶۲ به همت سومین شهید محراب حضرت آیت ا.. صدوقی اولین دانشکده پزشکی بعد از پیروزی انقلاب اسلامی، در یزد با پذیرش ۳۳ دانشجوی پزشکی شروع بکار نمود و در تداوم آن دانشکده های پرستاری و مامایی و پیراپزشکی ایجاد شد. سپس در سال ۱۳۷۳ با توجه به طرح ادغام دانشکده های پزشکی در وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی به دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی شهید صدوقی یزد مبدل گردید. در ادامه تلاش‌های مستمر دانشگاه، دانشکده های بهداشت و دندانپزشکی نیز به این مجموعه افزوده شد. در حال حاضر این دانشگاه دارای ۷ معاونت، ۱۰ دانشکده و بیش از ۱۸ مرکز تحقیقاتی، ۱۳ بیمارستان و ۱۰ شبکه بهداشتی است. تعداد کل دانشجویان حدود ۶۰۰۰  نفر بوده  که از این تعداد ۱۲ درصد دانشجویان تحصیلات تکمیلی (PhD و MS) و ۶ درصد دستیاران بالینی (تخصصی، فوق تخصصی و فلوشیپ) می باشند.